پژوهشکده در افق بلندمدت، مجموعه ای پیشرو در تحقیقات کاربردی ، ارتقای مرزهای دانش و نقش آفرینی در تکوین، توسعه ، ترویج و تجاری سازی فناوری های پیشرفته پزشکی بوده و با بهره گیری از تعاملات نزدیک با متخصصین بالینی، آموزش های تخصصی و توسعه همکاریهای بین المللی در پی تحقق اقتصاد دانش بنیان و دستیابی به مرجعیت علمی و فناوری در سطح بین المللی در حوزه فناوریهای پیشرفته پزشکی و ارتقای سطح کیفی سلامت جامعه و رفاه عمومی می باشد.