پژوهشکده با هدف اساسی «پژوهشهای کاربردی و توسعه فناوری در حوزه تجهیزات پیشرفته پزشکی» به دنبال پاسخ به نیازهای نظام سلامت در این عرصه بوده و در این راستا به« ایجاد ، توسعه و ترویج و تجاری سازی فناوری، تحقیقات کاربردی، آموزش های تخصصی، تبادل دانش و فناوری با صنعت، همکاری های بین المللی و تربیت و توانمندسازی متخصصین خلاق و نوآور» می پردازد تا با مزیت رقابتی «بهره گیری از مشارکت متخصصین بالینی و توجه به تکمیل زنجیره فناوری از ایده تا محصول در حوزه فناوری های پیشرفته پزشکی» یاریگر «نظام خدمات سلامت، متخصصین بالینی و جامعه» بوده و در نهایت در ایجاد « جامعه ای بهره مند از سلامت و رفاه عمومی» نقش آفرین باشد.